在自然科学方面，墨子也有着卓越的见解。他建立了关于时间和空间的理论，认为时间和空间对于整体来说是无限的，对于部分来说是有限的，整个连续不断的时间和空间是由不可再分的时间元“始”和空间元“端”所组成的。他反对老子的“有生于无”的思想，认为万物始于“有”，物质的性质是依附于物体的客观而存在的，人的认知是客观存在的物质世界的反映。他还将时间与空间与物体运动联系起来，论述了运动中的物体与其影子之间的关系，对数学、光学、力学等领域也有深入的研究，给出了点、线、面、体、圆、圆心、矩形、平行等的定义或界说，探讨了光与影的关系、小孔成像、光的反射、球面镜成像原理、凹镜成像、凸镜成像等光学现象，以及力的定义、物体重心、力的平衡及有关杠杆、桔槔等器械的力学知识。

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随着墨子学说的传播，越来越多的人被他的思想所吸引，聚集在他的门下，形成了一个有纲领、有组织、有纪律的社会团体组织——墨家学派。墨家成员身穿布衣，以自苦为荣，他们不仅有知识和专业技能，还随时准备为兴利除害而献身。墨子作为墨家学派的领袖，被弟子们尊称为“巨子”。

在墨子的组织下，墨家的影响力越来越大，其徒属遍布天下，墨学也成为当时与儒学并列的“显学”。按照墨家的规定，被派往各国做官的墨者，必须推行墨家的政治主张，行不通时宁可去职。做官的墨者还要向团体捐献俸禄，做到“有财相分”。墨家纪律严明，“墨者之法，杀人者死，伤人者刑”，墨者对“巨子”的命令必须绝对服从。

然而，墨子的学说并非一帆风顺地被人们接受。儒家学派的孟子就曾激烈地攻击墨子，他说：“墨氏兼爱，是无父也。无君无父，是禽兽也。” 孟子认为墨子的“兼爱”主张否定了父子之间的亲情和君臣之间的等级关系，是违背人伦道德的。荀子也对墨子的学说提出了批评，他认为墨子尚功利、重节俭、主兼爱僈差等的主张毫无可取之处，是贫国乱世之学。

面对这些批评和质疑，墨子并没有退缩。他坚信自己的学说能够拯救这个混乱的世界，他继续四处奔走，传播自己的思想，与其他学派进行辩论。他的辩论充满智慧和逻辑，常常让对手无言以对。

时光荏苒，墨子渐渐老去。当他年八十有二时，他看着这个依然动荡不安的世界，心中感慨万千。他长叹道：“世事已可知，荣位非常保，将委流俗，以从赤松子游耳。” 于是，他决定离开尘世的喧嚣，入周狄山，精思道法，想像神仙。

在周狄山中，墨子过着宁静的生活。他每天沉浸在对道法的思考中，寻求着心灵的解脱和升华。然而，他的宁静生活并没有持续太久。有一天，他忽然听到左右山间有诵书声，夜晚睡觉时，又有人来用衣覆足。墨子感到十分好奇，于是他决定暗中观察。终于有一天，他看到了一个神秘的人。墨子立刻起身，向那人问道：“君岂非山岳之灵气乎，将度世之神仙乎？愿且少留，诲以道要。”

神人见墨子诚恳，便说道：“知子有志好道，故来相候。子欲何求？” 墨子回答道：“愿得长生，与天地相毕耳。” 神人听后，便授以素书，朱英丸方，道灵教戒，五行变化，凡二十五篇。他告诉墨子：“子有仙骨，又聪明，得此便成，不复须师。” 墨子拜受后，按照神人所授之法修炼，果然获得了验证。他将这些方法的要点撰集起来，写成了《五行记》。从此，墨子成为了地仙，隐居起来，以避开战国的纷争。

然而，墨子的传说并没有就此结束。到了汉武帝时，汉武帝听闻墨子的大名，对他十分敬仰。于是，他派遣使者杨违，带着束帛加璧，前往聘请墨子出山。但墨子早已看淡了尘世的功名利禄，他拒绝了汉武帝的邀请。据说，当时见过墨子的人都惊叹于他的容貌，虽历经岁月，却常如五十许人。此后，墨子继续周游五岳，他的身影在名山大川中时隐时现，成为了人们口中传颂的传奇。