当初，军中盛传：“遇到儒者就杀，军队必定覆灭。”黄巢进入福建后，但凡俘虏自称为儒者的皆释而不问，当草军经过崇文馆校书郎黄璞门前时即下令说：“这是读书人家，灭掉火把，不要焚烧”。寻找隐士周朴，找到后，问他：“能从我乎？”周朴回答道：“我尚不仕天子，安能从贼？”黄巢一怒之下斩杀了周朴，当时福建诸州都失陷可，朝廷下诏高骈为诸道行营都统来抵御草贼。
黄巢翻越五岭，攻陷桂管，兵围广州，却并没有立即攻城，反而托被俘虏了的越州观察使崔璆写信给困守在广州城内的岭南东道节度使李迢，让李迢向朝廷上书，求表为天平军节度使，宰相郑畋与枢密使杨复恭奏，欲请授同正员将军。宰相卢携、宦官田令孜执意不可，黄巢又请求任安南都护、广州节度使，亦不允，右仆射于琮议：“南海市舶利不罚，贼得到更富，而国家财用屈。”拜巢率府率，请授率府率，如果黄巢不接受，就让高骈去讨伐他。黄巢见到诏书后，大骂执政，急攻广州，仅一天，即破城，生擒李迢，自称“义军百万都统”，并发布檄文，斥责朝廷宦官柄朝，污垢败坏纲纪，指他们和宫中人贿赂勾结情况，选贡不当，禁止刺史殖财产，县令贪赃的家族，他们当时很疲惫。
宰相王铎毛遂自荐请求讨伐黄巢，天子任命王铎为荆南节度使、南面行营招讨都统，率诸道兵进讨，王铎屯兵在江陵，请求任命泰宁军节度使李系为招讨副使、湖南观察使，作为先锋屯兵潭州。
黄巢军已转战各地多年，这次占领广州，“欲据南海之地，永为巢穴”，作为反抗唐朝统治的根据地。但在这一年，从春至夏，疫病大为流行，不少义军将士染上了疫病，死者十三四，部下“劝请北归，以图大利”。黄巢见在广州难以持久，于是决定杀回中原地区，率军离开广州，向西北进发，攻取了桂州，控制了岭南全境。
恰遇湘江水暴涨，义军便乘数十只大木筏顺流而下，沿着湘江，穿过永州、衡州，攻占了潭州。李系败走朗州，十万大军尽皆被杀，尸体遮蔽了宽阔的湘江。之后，尚让乘胜进攻江陵，号称五十万。江陵之前被王仙芝攻破过，焚烧屋舍，百姓都逃窜到了山谷之中。不久，李系的败讯传来，荆南节度使王铎见义军声势浩大，诸道兵又未赶到，以为江陵兵少难以固守，便退守襄阳。官军乘乱纵掠，恰逢下雪，百姓死伤甚多。黄巢占据了荆南，胁迫前岭南东道节度使李迢上书天子，李迢说道：“吾腕可断，表不可为。”黄巢大怒，杀了他。
尚让攻克了江陵后即与黄巢合兵进攻襄阳，恰逢江西招讨使曹全晸与山南东道节度使刘巨容坚守荆门，让沙陀人把坐骑赶到黄巢军营前，然后逃跑，但在荆门中了埋伏，被官军击败，损失甚大，贼军认为他们胆怯。第二天，诸将骑着这些马出来作战，这些马听得懂沙陀语，一喊就跑了回去，不能阻挡，官兵埋伏在林中，等马一跑进林中，大败之，抓获贼首十二人。黄巢害怕了，渡江东走，追击贼军，俘虏了十分之八，有人劝刘巨容继续追，刘巨容答道：“国家多辜负别人，危险不吝啬奖赏，事情平定就得罪，不如留下贼希望今后的幸福。”
因此没有追击黄巢收集余众，稍加休整遂渡过长江进攻鄂州，攻破了外城。之后，又转而进攻饶、信、池、宣、歙、杭等十五州。这时黄巢军又得以发展，“众至二十万”，在江浙一带的胜利进军再次震撼了唐廷，唐僖宗一面任命淮南节度使高骈为诸道行营都统，命他迅速进攻义军，同时征调昭义、感化、义武诸道兵南下，与高骈协力作战。
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高骈遣其将张璘渡江南下，黄巢军连战失利，退守饶州，张璘又乘胜进军，黄巢又退守信州。这时北方诸道军已兵临淮南，张璘又率兵追击甚急，而信州又恰遇疫病流行，义军士卒多死，元气大伤。在义军处境十分危急的时刻，黄巢巧施缓兵之计：一方面用重金贿赂张璘，使其减慢进军；另一方面又致书高骈，表示“投降”。高骈中了黄巢圈套，以为大功告成，遂上奏朝廷，声称义军“不日当平，不烦诸道兵，请悉遣归”。当黄巢获悉诸道兵已经北渡淮河，散归其镇，而且义军也恢复了作战能力，即抓住时机，一举杀死张璘，大败淮南兵，并乘胜攻占了睦州、婺州，又攻占了宣州。刘汉宏进攻宋州，抢掠申、光，来与黄巢会合，黄巢进逼广陵，渡过采石，进攻扬州。高骈按兵不出，所过镇戍，望风降贼。
唐廷本对高骈寄以厚望，这时见高骈告急，顿时慌了手脚，急忙下诏泰宁军节度使齐克让驻守汝州，任命曹全晸为天平节度使兼东面副都统。贼军当时驻守在滁州、和州，曹全晸的天平兵在淮上被打败。宰相豆卢瑑建议：“救援军队未到，请给黄巢天平节度使，如果没有找到西，以精锐部队戍守宣武，塞汝、郑路，寇贼首领可以导致了。”卢携执不可，请“召诸道兵壁泗上，以宣武节度统之，则巢且还寇东南，徘徊山浙，救死而已”，诏可。前此已诏天下兵驻守溵水，禁止贼向北去。于是徐州的三千兵马驻扎在许州，忠武军节度使薛能让徐州的三千兵马在馆驿中住下，结果徐州军闹事，忠武军部将周岌从溵水还军，杀了薛能，自称留后。徐军听闻变乱，大将时溥亦返回徐州，囚禁了其节度使支详，泰宁军节度使齐克让吓怕了，就引军回兖州了，溵水防线崩溃。
义军渡过淮河，黄巢自称“率土大将军”，队伍从淮河以北整军而去，不抢劫财物，只有驱赶壮丁为兵罢了，义军攻陷申州之后，长驱进入颍、宋、徐、兖等州，所到之处，官吏四处逃散。义军北渡淮河时，宰相豆卢瑑曾议请授黄巢为天平节度使，待其到镇时再发兵除掉他。另一宰相卢携执意不从，认为只要发兵守住泗州，义军不能入关，必还掠江、淮，便无能为力。不久，义军北上，淮北告急，卢携遂惶愧称病不出，京师也充满了恐怖气氛。
义军进入汝州，黄巢传檄官军说：“你们要守堡垒，不要犯我先锋！我将进入东都，就到京城，自己想问罪，很多人没有参与。”这时朝廷乱作一团，有人主张调发关内诸镇兵扼守潼关，大宦官田令孜还自请率两神策军弓弩手去守关，有人则认为义军拥有六十万之众，潼关又无重兵，难以坚守。但僖宗还是决定让田令孜率兵东守潼关。黄巢大军进抵洛阳城下，唐将齐克让退守潼关，东都留守刘允章则率分司官出城迎接黄巢入城，义军纪律严明，只是“供顿而去，坊市晏然”。
黄巢军进占洛阳不几日，即向关中挺进，继续攻打陕州、虢州，并警告拒守潼关的官军说：“我道淮南，把高骈像老鼠跑穴，你不要拒绝我”河中节度使李都诈进表于贼。僖宗以田令孜为汝、洛、晋、绛、同、华都统，将左、右军东讨，率神策军、博野等军十万守潼关。当时，神策军士皆是长安豪富子弟，只是为了厚得供给和赏赐才贿赂宦官挂名军籍的，平日高车大马，悠然自得，未尝经历战阵。所以一旦听说出征，吓得父子抱头相哭，为了逃避战事，多以金帛雇商贩与贫民代行。田令孜虽名为汝、洛诸州都统，率神策、博野等军十万守潼关，但他只是遥领，只是派左军马军将张承范等率神策军前往拒战。神策兵过华州，只有三日粮，不能吃饱，兵无斗志，潼关左边有谷，谓之禁谷，等到贼兵来了，官军只守潼关，不防守禁谷。
黄巢大军进至潼关，齐克让率军战于关外，贼稍稍退却，张承范拿出黄金对士兵说：“诸君勉报国，救兵就快到了。”军士感激涕零，纷纷请战。贼兵见没有援军来，就急速攻关，王师矢没有弓箭，扔石头射击。唐守关将士断炊，士气低落，义军奋力攻关，而尚让、林言率前锋由禁谷迂回到关后，前后夹攻，官军溃退，博野乱军直奔长安，大肆劫掠。